Nors šaldymo - vaisių ir daržovių džiovinimas turi daug privalumų palaikant tekstūrą, skonį ir mitybos vertę, taip pat yra keletas pagrindinių trūkumų. Pradinės reikiamos įrangos išlaidos ir sudėtingumas yra viena iš pagrindinių kliūčių. Dėl didelių pirkimų ir priežiūros išlaidų užšaldyti džiovinimo mašinos reikalauja reikšmingų pradinių investicijų. Be to, šios įrangos energijos poreikiai gali padidinti gamybos sąnaudas ir neigiamai paveikti bendrą užšalimo džiovinimo operacijų pelningumą.
Pats jautrus užšalimo džiovinimo proceso pobūdis sukelia dar vieną sunkumą. Vaisiai ir daržovės yra kruopščiai užšaldyti, o vandens kiekis vėliau sublimuotas esant žemam slėgiui. Norint garantuoti gatavo produkto kalibrą, šis tikslus procesas reikalauja atidžiai reguliuoti slėgį ir temperatūrą. Bet koks nukrypimas nuo idealių aplinkybių gali prarasti mitybos turinį, skonį ar tekstūrą. Be to, procedūrai baigti gali užtrukti kelias valandas, o tai gali apriboti gamybos įrenginių pajėgumą.
Kitas svarbus šaldymo vaisių ir daržovių klausimas yra jų struktūrinio vientisumo išlaikymas. Kai vanduo pašalinamas iš tam tikrų produktų, jie gali tapti labiau pažeidžiami dėl pažeidimų ar struktūrinio griūties. Norint užtikrinti, kad produkcija galėtų išgyventi užšalimo - džiovinimo procesą neprarandant norimų požymių, būtina griežta atranka ir prieš - gydymas. Pavyzdžiui, norint išlaikyti savo spalvą ir tekstūrą džiovinant, kai kuriuos vaisius ir daržoves gali tekti blanširuoti arba jiems skirti antioksidantų gydymą.
Jei užšalimo džiovinimo procedūra neatliekama sterilioje atmosferoje, taip pat kyla mikrobiologinio užteršimo rizika. Net jei mikrobų augimo rizika labai sumažėja pašalinant vandenį, teršalai, kurie buvo procedūros pradžioje, vis tiek gali būti pavojingi. Taigi, norint sukurti saugų ir pranašesnį užšalimą - džiovinti produktai, reikia išlaikyti švarią ir kontroliuojamą atmosferą.
